Navapalos se encuentra situado al Sur del Río Duero, algo elevado aproximadamente a 20 metros por encima del nivel del Río se encuentra atravesado por numerosos barrancos y antiguos surcos de arroyos que dividen el terreno del municipio en varios sectores.
Distintas características del terreno nos indican que navapalos esta situado en una serie neogena (burdigaliense-bindoboniense) En el límite con el cuaternario del río Duero.
El terreno está compuesto por arenas margas y arcillas en disposición estratigrafíaca horizontal.
Esta litografía que comparte con los pueblos vecinos de vilde Inés y olmillos ha condicionado la tipología construcción tradite las viviendas de adobe de antigua y nueva construcción.
Si nos alejamos un poco podemos encontrar pizarra ordovícica por la zona de Ayllón, ferruginosas del bundsastein en Noviales, óxido e hidróxido de hierro y manganeso con pizarras por Madriguera, calizas y margas de lías en Caracena (usadas para hacer en lo 90 el empedrado de la calle real de Navapalos) y calizas microcristalinas del Cretácico superior que podemos observar ahora en las construcciones y monumentos de El Burgo de Osma y alrededores.
También son las que forman las grandes estructuras geológicas de el cañón del río lobos y el anticlinal del Ucero.
Conocer el mapa geológico facilita también el estudio del paisaje cultural y social y permite comprender por qué se usaban en según que zonas las distintas técnicas de construcción tradicional y arquitectura vernácula así como entender por el por qué de los diferentes oficios y materias primas se las que se servían los habitantes de esos lugares a lo largo de los siglos.